Im Jahr 476 n. Chr. wird nach langer, konfliktreicher Zeit der letzte Kaiser des Weströmischen Reiches abgesetzt. Schon zuvor war es nicht gut um die römische Kontrolle der Provinz Rätien bestellt. Ab dem Ende des 4. Jahrhunderts n. Chr. fallen verstärkt germanische Kampfverbände in die römischen Gebiete ein. Die Grenzstationen, häufig ebenfalls von germanisch-stämmigen Soldaten verteidigt, werden nach und nach aufgegeben. Der Hauptgrund dafür ist das Ausbleiben des Soldes aus öffentlichen Mitteln. Nur in den großen Orten wie Regensburg bleibt Militär zurück.

Mit dem Wegfall der römischen Verwaltung beginnen die Menschen, sich selbst zu organisieren. Einige wandern aufgrund der Germaneneinfälle nach Norditalien ab, einige bleiben auf ihrem angestammten Land. Für sie gibt es kein Ende des römischen Reiches, in ihrem Bewusstsein bleiben sie Römer.

Im frühen Mittelalter bilden sich Stämme heraus, darunter auch die Bajuwaren, die Bayern den Namen gegeben haben. Diese Stämme entwickeln sich aus der ansässigen romanischen, also keltisch-römischen Bevölkerung, ehemaliger Soldaten aus fernen Teilen des römischen Reiches und eingewanderten germanischen Gruppen. Die Zusammengehörigkeit fußt nicht auf gemeinsamer Abstammung. Sie nimmt häufig ihren Anfang in Rechts- oder Kriegsgemeinschaften.

Obwohl in Bayern die ersten Hinweise auf das Christentum schon aus dem 4. Jahrhundert stammen, dauert es bis ins 7. Jahrhundert n. Chr., bis das Christentum die vorherrschende Religion wird. Im Jahr 889 n. Chr. wird Pilsting als „Pilistingon“ zum ersten Mal erwähnt.